С 1999 года Вячеслав выступал за молодежную сборную России по футболу. А спустя всего лишь год его привлекли к общим сборам национальной сборной страны. В конце осени 2003 года Малафеев первый раз вышел на футбольное поле в игре за сборную России – вторую стыковую игру против Уэльса.

Приняв активное участие в отборочных играх к чемпионату Европы, Вячеслав Малафеев завоевал место в заявке сборной и на турнир. Удаление с поля основного вратаря вновь вселило надежду в голову подающего надежды игрока питерского «Зенита» Вячеслава Малафеева. В Португалии он сыграл два матча, и сразу после чемпионата Европы по футболу стал первым вратарем сборной России. Но, с Португалией Вячеслава связывают не только радостные воспоминания: это был и весьма печальный эпизод в карьере начинающего вратаря. В середине осени 2004 года в отборочной игре чемпионата мира по футболу в 2006 году Вячеслав пропустил 7 мячей в свои ворота от фаворитов группы.

А в 2008 году Вячеслав завоевал бронзу на чемпионате Европы по футболу, но ни одной минуты ему сыграть не случилось: во всех играх сборной главным защитником был Игорь Акинфеев.